La parte izquierda de color amarillo simboliza la luz y la prosperidad, representando los altos valores humanos y de fe, que mueven nuestra comunidad hacia una mejor calidad de vida. La parte derecha color rojo representa al patrono de Guaynabo, San Pedro Mártir de Verona, quien dio testimonio hasta morir por la causa de Cristo. El color rojo simboliza la pasión de nuestro señor Jesucristo quien dio su vida por todos. También este color representa el amor, la amistad, el calor humano y la fraternidad que distingue al corazón de Guaynabo, que es el centro histórico de nuestra ciudad.

La bandera dividida en dos campos, a la izquierda en amarillo (metal oro según la heráldica) y a la derecha en rojo (gules según la heráldica). Al centro aparece en un círculo color verde (en heráldica sinople) bordeado con un aro blanco (plata en heráldica) con una cruz flordelisada y jironada en color blanco (plata en heráldica) y negro (sable en heráldica). En la parte inferior de cada campo bordeando el círculo dos ramas de palma color verde.

El color verde del círculo simboliza la esperanza, virtud cardinal que debe acompañar todo corazón humano. Esperanza de un futuro mejor para todos nuestros compueblanos. También representa la vegetación que circunda nuestra ciudad. Se ha escogido este color verde porque es uno de los colores heráldicos, más antiguo de Guaynabo. El aro blanco que bordea el círculo verde, simboliza la unidad cristiana que caracteriza nuestra zona.

La cruz flordelisada y jironada representa a San Pedro Mártir de Verona, patrón de nuestro pueblo, colocada en el centro del círculo nos recuerda que la zona ha sido desde su fundación, centro espiritual y gubernamental de nuestro municipio. El color blanco de la misma, es otro de los colores más antiguos en la historia heráldica de Guaynabo y simboliza pureza, paz, entrega y unidad; el color negro significa la fortaleza, estabilidad y formalidad de la comunidad.

Las ramas de palma de color verde, representan la esperanza y evocan las tradiciones de nuestro pueblo como son las procesiones de la semana mayor y las fiestas del patrón. Nos invitan que debemos todos unidos, a pesar de las diferencias y situaciones de la vida, trabajar cada día por un Guaynabo mejor.